据说，最早是只有刘备墓的，也就是汉昭烈庙。后来四川人民实在是灰常怀念诸葛哥哥，所以就在汉昭烈庙旁边修了武侯祠，来纪念诸葛亮。但是，后来慢慢的，官员们发现逢年过节，老百姓只去武侯祠祭拜，而旁边的刘备墓就很冷清，轻君重臣，这就很不符合封建礼数了。皇帝们当然不希望这种违反儒家思想和统治的情绪在老百姓中蔓延，所以在后来重建时就把武侯祠并入了汉昭烈庙，而且修得用心良苦啊，因为进门首先是汉昭烈庙，再进去才是武侯祠。这样一来，你要拜诸葛亮，就要先拜刘备。
为了彰显君臣之道，刘备殿的地基是高于诸葛亮殿的，而诸葛亮殿却建在了刘备殿的后面，在中国的建筑文化里越在后面的殿供奉的人越重要，这样的巧思安排终于能满足百姓对丞相的敬重之意了。
于是千百年来，武侯祠由皇帝的坚持不立到偏远的小城市，到进了都城，立在君王一侧，又进了君王的庙宇，最后反客为主，甚至把投了降的刘禅塑像赶了出来，只留下了刘禅的老爹刘备和刘禅以死殉国的儿子刘晨。这一系列的变化可以说是既让人感慨又令人玩味，这是理智和民心的较量，而结果恰恰证明了民意的分量究竟有多重。