兰州到祁连卓尔山的最佳方式通常是乘坐长途客车或者包车，以下是具体的方式和路线：

1. 长途客车：从兰州到祁连卓尔山有定期的长途客车班次。你可以前往兰州客运中心或者兰州火车站附近的汽车客运站购买车票，并选择前往祁连县或者祁连卓尔山的班次。车程约为8-10小时，具体时间根据交通状况而定。

2. 包车：如果你不想乘坐公共交通工具，也可以考虑包租一辆车前往祁连卓尔山。你可以与旅行社或者车辆租赁公司联系，预约一辆适合的车辆及司机。这样可以根据自己的行程安排，自由地前往和停留在卓尔山。

无论选择哪种方式，建议提前了解当地的天气情况和道路状况。祁连卓尔山地处高海拔地区，气候较为寒冷，尤其是冬季和早春。在旅行前，确保带上适当的防寒衣物和装备，并遵循当地的旅游注意事项和安全规定。

另外，也可以考虑在旅行中途的祁连县休息或住宿，以便更好地体验当地的风景和文化。