有影响
1、影响农民住院报销，如果不断缴，农民生病住院只要达到了报销标准就会给报销一定比例的医药费，如果断缴了就失去了这方面的权利；
2、买药度要自费。交了新农合农民就可以使用保障卡到药店买药，如果断缴，保障卡就失效了，农民买药只能自费；
3、会影响后续新农合的上缴。如果年年上缴，新农合方面就会有个知良好的记录，而如果中间断缴了，后续想续交就会比较麻烦，可能需要相关的证明。
“存在未入库费款”通常表示在农合系统中存在尚未缴清的参合费用，需要您及时补缴。如果您没有及时补缴，可能会影响您享受农合的保障权益。建议您联系当地的农合机构或相关部门，了解具体的未入库费款情况，并及时补缴相关费用。
2000元，目前的新农合医疗保险，对报销额度没有明确的规定。如果是重大疾病，一般规定一年报销额度不超过20万。一般门诊每年1080元。另外，报销比例，一般乡级起付线100元，报销比例85%左右；县级起付300—500元，报销比例75%左右；市级起付线800—1500元，报销比例65%左右；省级起付线2000—3000元，报销比例55%左右。