职工医保断交后，无论是选择以个人名义补缴还是以公司名义补缴，其主要的区别在于缴费比例、险种和基数这三个方面。

首先，从缴费比例来看，个人缴纳医保时，个人需要承担的比重相对较高。通常情况下，社会医疗保险由单位和个人共同承担，单位占20%，个人占8%。因此，以公司名义补缴时，单位会承担较大的比重，个人的负担会相对减轻。

其次，就缴费险种而言，个人缴纳的通常只有养老保险和医疗保险两种。而以公司名义补缴时，通常包括的是五险一金，也就是包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险以及住房公积金。这意味着通过公司补缴，职工可以享受到更全面的社会保障。

最后，缴费基数也存在差异。个人缴费时，可以选择较少人选择的一档进行缴费。而公司一般是按照上一年度职工全年平均工资作为缴费基数的，这种方式更能反映出职工的实际收入情况。

此外，需要注意的是，医保自停缴之日起有3个月的缓冲期，如果超过这个期限还未缴纳，其连续缴费时间就会清零，开始重新累计。医疗保险如果中断次数超过3次，也会重新累计连续缴纳年限，且中断期间不享受医疗报销等待遇。而生育保险通常不能以个人名义缴纳，中断后再续保需要重新计算参保时间。

总的来说，选择以个人名义补缴还是以公司名义补缴医保，需要考虑到个人的实际情况和需求。无论是哪种方式，都应尽快补缴以确保医保的连续性和有效性。同时，也应注意遵守相关规定，确保缴费的及时性和准确性。