医保一档在深圳住院时，扣除个人账户的方式是先由患者缴纳部分医疗费用，剩余部分由医保基金支付，同时医保基金也会按照一定的比例把支付的部分从患者的个人账户中扣除。
具体扣除比例和金额计算标准可以参考当地医保政策。
需要注意的是，不同的医院和医生对待医保的态度和处理方式也不同，有些医生可能并不愿意使用医保，或者会因为医保报销额度不高而推荐一些不必要的检查和治疗。
因此，在使用医保进行住院治疗时，患者要选择正规的医院和医生，同时也要了解自己的权益和保险政策，以免落入不必要的经济负担。
深圳公积金管理中心电子邮箱：http://www.szzfgjj.com/ 。深圳市公积金中心启用电子邮件投递系统，职工预约成功后，该中心将以电子邮件的方式发送到用户指定邮箱(只有在深圳市公积金中心“网上办事大厅”登记过电子邮箱或中国移动手机号码的缴存职工才能收到邮件)，139邮箱收到邮件时，还会收到一条提醒短信。
深圳市的社会医疗保险实行“两卡合一”制度，即将社保卡和市民卡合并为一张卡，名为深圳通。住院费用结算时，医院会将医保部分直接结算，而个人账户部分则需要本人自行支付。
1. 在就医时，出示社保卡并告知医生需要使用医保账户支付部分费用。
2. 医院将医保部分费用直接结算，余额部分需要缴纳时，使用深圳通进行支付。缴费时，需要在POS机上刷卡，并输入卡号和密码，然后选择缴费金额进行支付即可。
3. 在支付完成后，查询深圳通余额时，医疗账户支付部分的金额已经被扣除，所剩余额为非医疗账户部分的金额。
需要注意的是，深圳通的余额是可以随时查询，并且可以随时进行充值。如果个人账户余额不足，需要在缴纳时先进行充值，才能够完成支付。